Siguiendo una tradición crema que venía de familia, Juan Cominges sintió desde muy chico su pasión por el fútbol y por Universitario de Deportes. De pequeño acompañaba a su papá a ver jugar a su hermano Paul y no pasó mucho tiempo para que trazara su propio camino también en el club crema (1990), cuando tenía 7 años. A fines de 1999, Juan pasa al Virgen de Chapi, uno de los equipos filiales de Universitario. Allí tuvo la oportunidad de demostrar todo su talento y competitividad en la Segunda División. Su buen desempeño al final de la temporada hizo que fuera trasladado el año siguiente al América Cochahuayco, también de Segunda.

Su paso por esa categoría le dio la experiencia y el temperamento suficiente como para buscar una oportunidad en el equipo profesional. Sin embargo, ello llegó a través de otro club, el Coronel Bolognesi de Tacna. Su debut en el 2002 fue más que auspicioso y hoy se ha consolidado como uno de los mejores jugadores de la escuadra sureña.

Juan ha integrado también las Selecciones Sub-17 y Sub-18, con la cual consiguió la medalla de oro en los Bolivarianos de Ecuador (septiembre del 2001). En el 2002, ha sido convocado para integrar la Sub-20 que disputará el Sudamericano del próximo año.


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